Afin d’accompagner la stratégie régionale du Plan Maroc Vert, le Centre s’est fixé quatre orientations prioritaires de recherche et de recherche développement dans le cadre de son programme de recherche à moyen terme 2009-2012 :

• Gestion durable des ressources en eau, sol et biodiversité
• Amélioration de la production de filières stratégiques
• Développement de nouvelles niches répondant aux nouveaux contextes climatique et économique
• Valorisation des acquis de la recherche par l’assistance technique, le renforcement des capacités et le transfert des technologies pour les principales filières de la région

Outre ces orientations qui définissent le programme régional, le Centre développe des compétences dans des programmes de recherche thématiques à portée nationale conformément à la stratégie et aux orientations de recherche de l’INRA : Biotechnologie, carte de fertilité des sols, cartes de vocations agricoles, valorisation des produits de terroir, améliorations génétiques végétale et animale.